En 1501, regresó a su patria y fue nombrado canónigo en la Catedral de Frauenburg. Residió en el palacio episcopal de su tío en Lidzbark Warminski de 1503 a 1510 trabajando en la administración de la diócesis. Publicó suprimer libro, una traducción del latín de cartas de ética de un autor bizantino del siglo VII, Teofilatos de Simocata. De 1507 a 1515 escribió un tratado de astronomía, De hypothesibus motuum coelestium a se constitutis commentariolus (conocido como el Commentariolus), la obra sentó las bases de su concepción heliocéntrica.
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